1994年4月6日凌晨，坦桑尼亚和平会谈後，与会的卢旺达总统哈比亚利马纳，其座机在归国途中被不明飞弹击落，机毁人亡。胡图族激进分子借机迅速掌控卢旺达政府。4月7日，震惊世界的卢旺达大屠杀开始。激进分子依照计划开始杀害胡图族温和派政治人物和图西族领袖，接下来试图消灭整个图西族。 据估计，在接下来的100天内，将近100万人被屠杀，这堪称世界上速度最快的大屠#杀。直到图西人领导的军队赢得内战并开始掌权，大屠杀才被制止。
在这场纷争中，超过200万人流离失所逃亡国外。刚果（旧扎伊尔）周边35座难民营中，有384800名卢旺达难民，另外还有150万人沦为国内难民。